Este ídolo del fútbol de Boca Juniors nació el 4 de Mayo de 1973 en la Plata, Buenos Aires, Argentina Tiene un hermano mellizo llamado Gustavo. Desde pequeño tuvo gusto por el fútbol y esto ya se notaba en el colegio al que asistía, el Sagrado Corazón de Jesús, de La Plata.

No tardó en jugar en cancha profesional, jugando para el club Gimnasia y Esgrima de La Plata. Y debutando en primera división el 6 de Octubre de 1991 jugando en el segundo tiempo del enfrentamiento de Gimnasia ante Independiente, partido que el lobo ganó por 3 a 2. Pronto tuvo su primer partido como titular, el 27 de Octubre de ese mismo año, siendo derrotado por 2 a 0 contra San Lorenzo de Almagro. A pesar de esta derrota, Guillermo comenzó a destacarse por su racha goleadora y llevó a Gimnasia a competir por cosas importantes. Así jugó durante seis temporadas en este club obteniendo la Copa Centenario en el año 1993, y el subcampeonato clausura en los años 1995 y 1996.

En el año 1996 fue convocado junto a su hermano para jugar en el club River Plate, pero Enzo Francescoli, la figura de River, dio la negativa ante la llegada de los mellizos, lo que hizo que se suspendiera el pase.

Pero a mediados del año 1997, los mellizos Barros Schelotto serían llamados a unirse al Club Boca Juniors junto a Martín Palermo, jugador de Estudiantes de la Plata hasta ese momento.

Durante los primeros tiempos de los partidos en Boca permaneció en el banco de suplentes ya que se encontraba jugando el pájaro Caniggia en su posición. Pero jugaba y se destacaba en los segundos tiempos dando efectivos resultados como lo hizo por ejemplo en el enfrentamiento ante Newells old boys donde convirtió un gol.

En el año 1998 cuando Carlos Bianchi se hizo cargo de la dirección técnica de Boca Juniors, Guillermo se adueñó de la camiseta número 7 pasando a hacer una dupla con Martín Palermo que le permitiría al club obtener los torneos de 1998 y 1990.

En los años 2000 y 2001 Boca participó en copas internacionales pero Guillermo no tuvo una participación continua debido a una seguidilla de lesiones que lo detuvieron.

En el año 2003 participó del triunfo de Boca en la Copa Libertadores de América, pero luego volvió a lesionarse. Lo cual le permitió participar sólo 46 minitos en el enfrentamiento contra el Milan por la Copa Intercontinental.

En el 2004 cuando Bianchi se retiró de Boca, Guillermo dejó de tener participación. Sin embargo es considerado uno de los máximos ídolos de este club por permanecer tantos años en él, a pesar de tener que rechazar propuestas de clubes extranjeros y por los títulos, el fútbol y la alegría dada a los hinchas.

Hoy en día continua jugando en EEUU en el club Columbus Crew, equipo que participa en la Major League Soccer.