Nació el 24 de Junio de 1978, en San Francisco, Provincia de Buenos Aires. Desde pequeño sintió gran afición por el fútbol, de esta manera llegó al Club Argentinos Juniors donde dio sus primeros pasos y se formó como un verdadero jugador.
En el verano de 1996, formó parte de un Seleccionado Argentino Sub-18 dirigido por José Pekerman que disputa en Uruguay la “Copa Punta del Este” y se proclamó campeón desempeñándose como volante central.
El 12 de septiembre de 1996 se pagaron U$D 800.000 por los pases de Fabricio Coloccini, Pablo Islas, César La Paglia, Carlos Marinelli, Emmanuel Ruiz y Juan Román Riquelme; una elevada cifra teniendo en cuenta que se trataba de unos juveniles que no habían debutado en Primera División. Al poco tiempo de estar en Boca el Dt. de ese momento, Carlos Bilardo, decide hacerlo debutar el 10 de noviembre frente a Unión de Santa Fe. Su primer tanto lo marcaría dos semanas después frente a Huracán en una arrasante victoria del equipo de la boca.
A comienzos de 1997, José Pekerman lo convocó a la Selección Argentina Sub-20 con motivo del Campeonato Sudamericano Sub-20 realizado en Chile. Riquelme jugó los nueve partidos del certamen y marcó tres goles, destacándose su conquista frente a Brasil en la victoria 2-0, de esta manera Argentina se consagró campeón sudamericano. Ese mismo año participo de la copa Mundial sub-20 en Malasia. El 5 de julio de 1997 Argentina se consagró campeón tras ganar la final frente a su rival del Rió de la Plata: Uruguay, por 2-1.
En junio de 1998 ocuparía el puesto de director técnico de Boca Carlos Bianchi, él mismo le otorgó a Riquelme la libertad de moverse por todo el frente de ataque y además le otorgó la histórica camiseta Nº 10 de Boca. Al poco tiempo los frutos comenzaron a verse, el equipo fue haciéndose cada vez más sólido y se logró de forma invicta el campeonato luego de seis años de no poder ganarlo. En 1999, el objetivo fue el mismo al del año anterior, mantuvo su hegemonía a tal punto que logró la marca de cuarenta partidos consecutivos sin derrotas, récord absoluto para el Fútbol Argentino, y se adjudica el bicampeonato.
En el 2000 el objetivo principal del club sería ganar la Copa Libertadores de América, título que no conquistaba Boca hacía veintitrés años. El 21 de junio, en el estadio Morumbí de São Paulo y luego de una igualdad en el resultado global de 2-2, Boca se impone en definición por penales al Palmeiras en la final y obtiene la Copa Libertadores. Boca accedió a disputar a fin de año en Japón la Copa Intercontinental (definición entre el campeón europeo y sudamericano de la temporada). En su mayor compromiso deportivo hasta el momento, enfrentó al Real Madrid. Riquelme obtuvo una gran performance destacándose desde el principio del juego, de este modo Boca obtuvo un notable triunfo por 2-1.
En el 2002 se realizó su pase al F.C Barcelona, por 13 millones de dólares. Pese al buen desempeño que demostró durante la pretemporada (en su primer partido marcó dos goles justamente frente al Parma), el juego desplegado por Riquelme no convencía al entrenador, quien comenzó ubicándolo como volante por izquierda y luego lo excluyó del equipo titular.
En verano del 2003 el Barcelona le cedió al Club Villarreal a Riquelme por dos temporadas. Allí formó dupla de ataque junto al delantero uruguayo Diego Forlán, demostró su gran calidad y se reveló como uno de los mejores jugadores de la Primera División de España, donde logró el récord de asistencias de gol en 2005. Ese año, Villarreal logró una épica 3ª posición y decidió comprar el 75% de su pase.
Luego de una excelente estadía en el Villarreal, Riquelme recibe una oferta para volver al Club que mayores satisfacciones le dio: Boca Junior. Así fue que en junio del 2007 se concreta su pase. El 17 de febrero reapareció luego de casi cinco años en La Bombonera. Su vuelta, influenciada por una prolongada inactividad, no fue buena. No obstante, su rendimiento fue creciente. Sin embargo, cuando el 30 de junio de 2007 venció el préstamo de 6 meses, Boca Juniors no logró obtener la extensión del mismo y Riquelme, tras tomarse unas vacaciones, vuelve al Villarreal CF. Si bien el jugador entrenaba con el resto de la plantilla, el técnico Manuel Pellegrini (con la aprobación del presidente del club) decidió no tenerlo en cuenta para la primera etapa de la temporada 2007/2008.
Riquelme firmó un contrato a finales de 2007 con Boca hasta 2010, pero no pudo jugar el Mundial de Clubes de aquel año,[ ]debido a que el club no lo había incluido en la lista preliminar de jugadores. El primer partido tras este nuevo contrato fue contra San Lorenzo, en los Torneos de Verano 2008. Su primer partido oficial en esta vuelta fue contra Rosario Central (1-1) por el torneo Clausura de 2008.